The Open Door

Em seguida, Amy processa seu empresário Dennis Rider, por assédio sexual e o guitarrista Terry Balsamo tem um derrame cerebral. Apesar dele ter se recuperado rapidamente, isto adiou o lançamento do álbum seguinte. Apenas no início de 2006, a banda confirmou o lançamento para o dia 3 de outubro e divulga seu nome: The Open Door. Pouco antes de seu lançamento, Will Boyd decide sair da banda, afirmando que precisa passar mais tempo com a familia. Ele é substituído às pressas por Tim McCord. Pouco depois, a banda lança o primeiro single deste CD, "Call Me When You’re Sober". O álbum tem a maioria das músicas compostas por Amy e Terry e é um álbum mais pessoal e maduro, nas palavras de Amy, o que não deixou de agradar os fãs no mundo inteiro.
Em maio de 2007, Amy Lee despede John LeCompt da banda, pois, segundo ela, ele se preocupava com o seu projeto alternativo, a banda Machina. Rocky Gray também sai da banda, sem uma explicação. Expecula-se que ele saiu devido ao seu amigo, John, ter sido despedido. Então os dois retomam o Machina. São arranjados substitutos provisórios para eles, Will Hunt como baterista e Troy McLawhorn como guitarrista.
Em julho, é anunciado o nome do quarto single e clip do The Open Door, desta vez a faixa escolhida foi a Good Enough, última faixa do álbum. O clip oficial, saiu em 10 de setembro de 2007, tem 4:44 ao todo, e tem efeitos especiais, muito bem feitos. Há suspeitas de haver um quinto single, entre eles, os mais prováveis são "Weight of the World", "All That I'm Living For" e "Your Star". Amy Lee em uma entrevista disse que assim que a turne "The Open Door Tour" acabar no dia 8 de Dezembro, a banda entrará em estúdio para a gravação de seu terceiro álbum oficial de estúdio. Ainda não há informações sobre o mesmo. Amy disse recentemente á uma revista inglesa que está anciosa pelo próximo trabalho e conta com o apoio dos fãs, pois segundo a cantora, ela prepara uma surpresa inesperada com o álbum.